Debian GNU/Linux 依照 文件系统层次标准 (Filesystem Hierarchy Standard) 安排文件以及文件命名。这个标准允许用户以及软件程序预测文件以及目录的位置。 根层次目录只是简单表现为 /。 在根层次，所有的 Debian 系统包括这些目录：
| 目录 | 内容 |
|---|---|
| bin | 基础命令执行文件 |
| boot | 引导装载器的静态链结文件 |
| dev | 设备文件 |
| etc | 主机特定的系统配置 |
| home | 用户活动目录 |
| lib | 基本共享库以及内核模块 |
| mnt | 用于临时挂接一个文件系统 |
| proc | 系统信息的虚拟目录 |
| root | 根用户的活动目录 |
| sbin | 基本的系统级程序 |
| tmp | 临时文件 |
| usr | 第二层次 |
| var | 活动数据 |
| opt | 附加的应用程序软件包 |
接下来是一个有关目录和分区的重要考虑列表。
根分区 / 必须总是物理地包含 /etc, /bin, /sbin, /lib 以及 /dev，否则你将不能引导。 通常 root 分区需要100MB大小空间但是可能会有变化。
/usr：所有的用户程序 (/usr/bin)， 库文件 (/usr/lib)，文档 (/usr/share/doc)，等等在这个目录下面，这个部分的文件系统需要最多的空间。 你需要提供至少500MB磁盘空间。如果你想安装更多的软件包你应该给这个磁盘容量。
/home：每个用户将放置他们的数据到这个目录的子目录下。 其大小取决于有多少用户将使用系统并且什么文件放在他们的目录下。 取决于你计划的 使用量你应该为每个用户准备100MB空间不过这个值应该迎合你的需求。
/var：所有的变量数据比如新的文章，电子邮件，网页，软件包系统的缓存等等将被放置入这个目录。 这个目录的大小取决于你对计算机的使用，但是对于大多数人来说将主要用在软件包系统的管理工具。 如果你准备做一个完全的安装包含 Debian 提供的所有程序，2到3GB的空间在 /var 下面应该满足需求。如果你准备逐次安装 (安装服务程序和工具，然后是文本处理工具， 然后是 X ，你可以准备 300 — 500 MB 在 /var 下。如果硬盘驱动空间很紧张并且你不准备做主要的系统升级，你可以 配置 /var 为 30-40MB 大小。
/tmp：如果一个程序会临时创建数据它很可能会放置 /tmp 中。一般 20-50 MB 应该足够使用。