首先您应告诉 FreeBSD Mathematica® 的 Linux 可执行文件需要使用 Linux ABI。 达到这一目的最简单的办法， 是将未加标志的可执行文件的默认 ELF 标记为 Linux， 输入下面的命令：

这会让 FreeBSD 假定所有未加标志的 ELF 可执行文件， 都应使用 Linux ABI， 这样就可以直接从 CDROM 执行安装程序了。

接下来， 需要将 MathInstaller 复制到硬盘上：

在这个文件的第一行中， 将 /bin/sh 改为 /compat/linux/bin/sh。 这样就能确保安装程序是使用 Linux 版本的 sh(1) 来运行的。 接下来， 使用文本编辑器或下面的脚本， 把所有的 Linux) 替换为 FreeBSD)。 由于 Mathematica® 安装程序会调用 uname -s 来检测操作系统， 这样做能够让它视 FreeBSD 为一种 类-Linux 操作系统。 现在执行 MathInstaller 就能安装 Mathematica® 了。

在安装 Mathematica® 的过程中所创建的脚本， 必须首先进行适当的修改才能使用。 如果您选择将 /usr/local/bin 作为 Mathematica® 可执行文件的安装路径， 则可以在这个目录中找到一些到名为 math、 mathematica、 Mathematica， 以及 MathKernel 的文件的符号连接。 您可以使用文本编辑器， 或者下面的 shell 脚本来将这些文件中的 Linux) 改为 FreeBSD)：

在首次启动 Mathematica® 时， 您将被问及一个密码。 如果您还未从 Wolfram 获得密码， 则安装目录中的 mathinfo 可以帮助您获得 “machine ID” (计算机 ID)。 这个计算机 ID 取决于您第一块以太网卡的 MAC 地址， 以确保您不在多台机器上运行 Mathematica®。

在通过电子邮件、 电话或传真向 Wolfram 注册时， 您需要向他们提供 “machine ID”， 探后它们会给您一个与之对应的由一组数字组成的密码。

Mathematica® 使用一些特殊的字体来显示字符， 与现在使用的标准字体不一样（integrals, sums, Greek letters,等等）。 X协议要求将这些字体安装在 本地。 这意味着您需要从Mathematica®的CDROM里面复制这些字体并安装到本地。 这些字体一般在CDROM的/cdrom/Unix/Files/SystemFiles/Fonts里面， 或本地硬盘的/usr/local/mathematica/SystemFiles/Fonts。 实际的字体在Type1和X子目录。有很多种方法来使用它们。

第一种方法是把字体复制到一个已存在的目录/usr/X11R6/lib/X11/fonts。 这需要编辑fonts.dir文件。添加字体名字进去，并改变第一行的字体数目。 另外，您也需要在复制字体的目录下执行mkfontdir(1)。

第二种方法是复制到 /usr/X11R6/lib/X11/fonts 目录：

现在，添加新的字体目录到您的字体目录：

如果您正使用 Xorg 服务器， 则可以通过修改 xorg.conf 文件来自动加载它们。

如果您没有一个叫/usr/X11R6/lib/X11/fonts/Type1的目录， 您可以把MathType1改成Type1。